روايات عديدة تم تداولها حول مكان قبر سيدنا يوسف عليه السلام وعلي أبيه وجده أتم الصلوات والتسليمات، حيث ردد البعض أن مكان دفنه في نيل مصر حتي اختلف المصريون القدماء حول مكان دفن عزيزهم واجتمعوا علي ضرورة أن يكون القبر في بقعة آمنة بنيل مصر حتي تعم بركة نبي الله علي الجميع .
فيما ترددت رواية أخري علي قيام كليم الله ونبيه موسي بنقله من النيل إلي بيت المقدس أو الخليل أو طبقا لرواية ثالثة في نابلس بفلسطين فيما ردد البعض أنه دفن بجوار خليل الله إبراهيم أو أبيه يعقوب دون أن يستطيع أحد ان يحسم مصير مكان دفن جثمانه الشريف.
ومن المهم الإشارة إلي أنه وبعد أن منّ الله على سيّدنا يوسُف وأعطاه من النعيمِ في الدنيا اشتاقت نفسه للقاء الله عزّ وجلّ وهو أوّل نبيّ تمنّى الموت وقد ذُكر ذلك في القرآن الكريم في قوله تعالي : "رَبِّ قَدْ آَتَيْتَنِي مِنَ الْمُلْكِ وَعَلَّمْتَنِي مِنْ تَأْوِيلِ الْأَحَادِيثِ فَاطِرَ السَّمَوَاتِ وَالْأَرْضِ أَنْتَ وَلِيِّي فِي الدُّنْيَا وَالْآَخِرَة تَوَفَّنِي مُسْلِمًا وَأَلْحِقْنِي بِالصَّالِحِينَ".
عدد من المؤرخين أجمعوا أنه حين حضر سيدنا يوسف الموت جمع إليه إخوته وقومه من بني يعقوب وأوصى أخاه يهوذا على قومه وتوفي عليه السلام وكان عمره 120 عاماً.
.
وبعد موت سيدنا يوسف اختلف أهل مصر في مكانِ دفنِه واشتد الصراع بين الناس وتعدّدت الروايات، ولكن الراجح منها أنّ قوم سيّدنا يوسُف عليه السلام سواء من أرض كنعان أو من مصر قد اتفقوا في النهاية على وضعه في صندوق من المرمرِ ودفنه في نهرِ النيلِ بحيث يمرّ عليه الماء وتصل بركته لجميع مصر وما حولها.
وقبر سيدنا يوسف ظل في مكانه لسنوات طويلة إلي أن أوحى الله إلى نبيّه موسى عليه السلام أن ينقل قبر سيّدنا يوسُف إلى بيتِ المقدسِ عند آبائه ولم يكن يعلم كليم الله حتي هذه اللحظة مكان دفنه فقيل له إنّ عجوزاً من بني إسرائيل تعرفُ مكان دفنهِ فلجأ إليها ليسألها فأعلمته بأنّ قبر يوسف عليه السلام في صندوق في النيل.
سيّدنا موسى عليه السلام استخرج الجثمان الشريف من النيل وأخذه معه لبيت المقدس ودُفن نبي الله يوسف بجوار أبيه يعقوب وجديه إسحاق وإبراهيم عليهم السلام في مدينة الخليل وفي روايات أخرى أنّه دُفن في مدينة نابلس في فلسطين.
بعض المؤرخين والباحثين أشاروا إلي من أنّ مكان قبر سيدنا يوسف عليه السلام لا زال في مصر في نهر النيل بشكل عزز فرضية بأنّه لايوجد قبر نبي من أنبياء الله معروفٌ مكانه وتتعدد الروايات والقصص الكثيرة حول أماكن دفنهم عليهم السلام .
وفي رواية أخرى لم تحظ بإجماع المؤرخين ذكر إبراهيم الخلنجي صاحب الموسعة التاريخية للدرر السنية أنّ جارية المقتدر التي كانت تسكن القدس سألت عن قبر سيدنا يوسف عليه السلام لإظهار القبر وبناءه ، فخرجوا إلى البقيع بالجزيرة العربية ووجدوا هناك حجر كبير، فأمر إبراهيم الخلنجي بكسر الحجر، وانكسرت منه قطعة كبيرة فلما أزاحوا الحجر فإذا بسيدنا يوسف عليه السلام لم يتغيّر شيء من حسنه ولا جماله، وصارت روائح القبر تفوح بالمسك، ثمّ أغلقوا الصخرة وبنيت عليها القبة الموجودة إلى الآن، وتسمّى بالقلعة..